小牧野遺跡では、100基をこえる土坑墓が、環状列石に隣接する東側緩斜面一帯に分布しています。墓には円形のものや楕円形のもの、石を立てるもの、フラスコ状の貯蔵穴を再利用したものなど、さまざまあります。

なお、日本の土壌は酸性度が高いことから骨が分解されやすく、小牧野遺跡でも人骨は残っていませんでした。

捨て場跡は、沢地形へと傾斜が始まる地点に形成されており、多量の土器・石器のほか、土偶や三角形岩版などが出土しています。